ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的技術(shù)。該檢測方法通過(guò)設計生物素或鏈霉親和素探針，把目標RNA拉下來(lái)以后，與其共同作用的DNA染色體片段就會(huì )附在到磁珠上，最后通過(guò)qRT-PCR、測序、免疫印跡法和質(zhì)譜分析等確定目的RNA、DNA和蛋白。
檢測特點(diǎn)：
（1）、CHIRP實(shí)驗可研究細胞體內互作；
（2）、CHIRP實(shí)驗既同時(shí)可研究RNA、蛋白質(zhì)和DNA形成的復合體之間的互作；也可研究它們之間的兩兩互作；
（3）、利用CHIRP-MS實(shí)驗尋找與目的lncRNA結合的蛋白，可不受lncRNA長(cháng)度的限制；
（4）、利用CHIRP實(shí)驗可研究circRNA與蛋白質(zhì)或DNA之間的互作。

檢測步驟：
（1）、CHIRP-RNA：探針設計與合成→細胞交聯(lián)→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→RNA回收與純化→NGS或qRT-PCR檢測；
（2）、CHIRP-DNA：探針設計與合成→細胞交聯(lián)→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→DNA回收與純化→NGS或qPCR檢測；
（3）、CHIRP-Protein：探針設計與合成→細胞交聯(lián)→細胞裂解、超聲處理→探針雜交→復合物純化→蛋白分離→質(zhì)譜鑒定。

ChIRP檢測標準分組：
（1）、IP組：目標lncRNA/circRNA Odd組和Even組（即實(shí)驗組，用于鑒定lncRNA/circRNA作用基因組位置）
（2）、lacZ組：外參對照組，證明ChIRP探針的特異性；
（3）、Input組：捕獲前分離提取的基因組DNA，作為內參對照組，證明探針特異性；
（4）、Positive組：陽(yáng)性對照組，通過(guò)已知驗證有效的探針，通過(guò)WB檢測已知結合蛋白質(zhì)，證明整個(gè)ChIRP實(shí)驗體系的有效性；
（5）、目標lncRNA/circRNA qPCR：證明ChIRP探針對目標lncRNA的正確結合及有效捕獲。